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代謝組學(xué)相關(guān)數(shù)據(jù)庫(及常用軟件)

更新時(shí)間:2023-09-13      點(diǎn)擊次數(shù):1645

常用的代謝組相關(guān)數(shù)據(jù)庫包括人類代謝組數(shù)據(jù)庫(HMDB)、KEGG數(shù)據(jù)庫、Reactome數(shù)據(jù)庫等,介紹如下: 人類代謝組數(shù)據(jù)庫(HMDB)是代謝組學(xué)中比較流行的數(shù)據(jù)庫之一,包括人類小分子的詳細(xì)信息體內(nèi)發(fā)現(xiàn)的分子代謝物,不少于79,650個(gè)代謝物條目。 SMPDB 數(shù)據(jù)庫與 HMDB 鏈接,包含大約 700 條人類代謝和疾病途徑的途徑圖。 KEGG數(shù)據(jù)庫是流行的代謝組數(shù)據(jù)庫之一,包含代謝途徑和相互作用網(wǎng)絡(luò)的信息。 Reactome數(shù)據(jù)庫主要收集人體主要代謝途徑和重要反應(yīng)的信息。 MassBank數(shù)據(jù)庫主要收集許多高分辨率低代謝成分的光譜。

BioCyc 數(shù)據(jù)庫包含途徑和基因組數(shù)據(jù)。 METLIN 數(shù)據(jù)庫是一個(gè)商業(yè)代謝組和串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫,包含約 43,000 種代謝物和 22,000 個(gè) MS/MS 譜圖。 FiehnLib 數(shù)據(jù)庫是一個(gè)商業(yè)代謝組數(shù)據(jù)庫,包含約 1000 個(gè)保守代謝物的 EI 譜。

NIST/EPA/NIH 質(zhì)譜庫數(shù)據(jù)庫也是一個(gè)商業(yè)代謝組數(shù)據(jù)庫,包含超過 190,000 個(gè) EI 譜圖。 BioCyc 數(shù)據(jù)庫收集途徑和基因組數(shù)據(jù),并且免費(fèi)提供。 MetaCyc 數(shù)據(jù)庫全面收集了許多不同生物體的代謝途徑和酶的信息,包括 51,000 多篇文章。 MMCD數(shù)據(jù)庫收集了10,000多種代謝物的信息及其MS和NMR數(shù)據(jù),其中大部分是擬南芥代謝物。



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